1957年全黨開展整風運動。4月黨中央發出了《關于整風運動的指示》，兵團黨委于5月15日召開了擴大會議，開始了兵團范圍內的整風，接著在機關及直屬單位召開了各種不同的座談會，進行鳴放，征求意見。6月Z1日，兵團黨委又發出了《關于整風運動的指示》，決定自上而下分期分批地進行整風。正當整風運動向縱深發展的時候，全國開始了反右派斗爭，兵團和各師根據中央和自治區的要求，也開展了反對資產階級右派的斗爭。兵團黨委還發出《關于深入開展對右派分子進行斗爭的指示》，強調反右派斗爭是當前壓倒一切的政治任務。經過反右派斗爭，全兵團劃定為右派分子的共190人，加上以后接收上海、北京等地右派300名，收容自流人員中的右派316名，共計806名。這次反右派斗爭，對極少數猖狂向黨進攻的右派分子進行反擊是完全必要的，但是兵團也出現了擴大化傾向，教訓極為深刻。以后根據中央指示，分期分批做了摘帽平反工作。

　　從兵團成立到1957年，除了開展肅反、反右派等政治運動，還加強了內部專政工作。1955年根據軍區第三次保衛工作會議精神，繼續深入開展內部摸底調查和專案偵察以及政治、刑事偵察工作，加強了經濟保衛和改造犯人的工作，到1957年底基層治安保衛組織發展到955個，參加這項工作的有3827人。這些組織在保衛生產安全、調解內部糾紛、監督改造“四類分子”（地主、富農、反革命、壞分子）等方面發揮了積極作用。